Kamera pemindaian panas seringkali tidak berfungsi dengan baik di bawah air karena air memblokir banyak panjang gelombang inframerah, sama seperti penghalang yang tidak transparan memblokir panjang gelombang yang terlihat.Sama seperti kita tidak bisa melihat melalui cat, sensor inframerah tidak bisa "melihat" melalui air dalam karena gelombang yang dideteksi tidak bisa melewati air.
Air merupakan masalah lain yang menantang untuk kamera pencitraan termal, yang berkaitan dengan konduktivitas termal dan panas spesifik.Jadi dibutuhkan empat kali lebih banyak energi untuk menaikkan atau menurunkan suhu volume yang sama dengan 1 derajat.
Ini berarti bahwa suatu benda kehilangan (atau mendapatkan) energi panasnya lebih cepat dan pada jarak yang lebih pendek daripada air.